2008年底，三鹿集團等22家責任企業籌借9.02億元款項，通過中國乳制品工業協會支付患病嬰兒的治療和賠償費用，對近30萬名確診患兒給予一次性現金賠償。同時，22家責任企業還共同出資2億元建立醫療賠償基金，患兒今后一旦出現相關后遺癥，發生的醫療費用由該基金報銷。
據受委托機構中國人壽保險2012年5月公布的信息顯示，運行3年以來，基金已累計辦理支付2055人次，支付金額1242萬元，全國各省、自治區、直轄市均有醫療賠償基金賠付發生，醫療賠償基金賬戶還有余額1.9億元(含利息)。
據時任定西市岷縣消費者協會秘書長劉陽沖回憶，當時岷縣列入賠償名單的結石患兒有58名，共撥付賠償金19.8萬元，其中一般患兒55名，每人獲得賠償2000元，重癥患兒3名，每人賠償3萬元。“按照當時規定，重癥患兒是指出現急性腎功能衰竭或接受透析、置管、手術等有創傷性檢查或治療，其余為接受一般治療的患兒。”劉陽沖說。
王鵬和王賀分屬一般和重癥患兒，本該領取32000元賠償金的車彥軍，領取賠償的過程并不順利。
車彥軍告訴記者，當時縣消協把雙胞胎名單弄混了，接受手術治療的弟弟王賀被寫錯成王鵬，而王鵬則被誤寫成重癥患兒。因為無法提供相應的治療病歷，車彥軍在1年后才拿到賠償金。
2009年初，由于兩個孩子往返蘭州復查身體，車彥軍沒有再出去打工，僅有的一點積蓄也全部花光，“當時家里特別困難，就靠我每天打點零工賺三四十塊錢維持生活。”