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繼前幾天遭到格策經紀人炮轟后，瓜迪奧拉又陷入了與球員的矛盾之中。德國媒體《圖片報》爆料，瓜迪奧拉和拜仁前鋒穆勒在訓練中爆發沖突，兩人在言語上激烈交鋒，互不相讓。
根據《圖片報》的報道，在一堂拜仁的季前訓練課上，由于對穆勒的跑位和訓練態度不滿，瓜迪奧拉非常生氣，他停止全隊的訓練，大聲斥責穆勒，還非常憤怒地一腳把手上的足球踢飛。穆勒也寸步不讓，他非常氣憤地向瓜帥大聲回吼：“那我什么都不用干了，我去洗澡休息好了！”
不過，冷靜下來的穆勒主動向瓜帥道歉，他說：“教練，是我錯了。”他也對媒體承認錯誤：“瓜迪奧拉是個好教練，我犯了個錯誤。”瓜迪奧拉接受了穆勒的道歉，兩人關系重歸于好。
這不是穆勒第一次與瓜迪奧拉爆發沖突，上賽季歐冠半決賽對陣巴薩，穆勒就曾在場上公開向瓜帥表達自己對被換下的不滿。近期，穆勒深陷轉會傳聞之中，有消息稱曼聯已經向拜仁出價求購這位德國國家隊主力，并且開出了一份8200萬歐元的天價，同時，瓜迪奧拉對曼聯邊鋒迪馬利亞也非常感興趣。這次沖突或許對穆勒在拜仁的前景造成影響。