找不到左腎的張書蘋與徐州中心醫院進行協商，要求賠償，但醫院說手術沒有錯。
張書蘋又到徐州六院檢查，結論仍然是左腎缺如。張書蘋以為有了這樣的檢查結果，可以穩操勝券。于是，她向徐州市泉山區法院提起了訴訟。
徐州中心醫院泌尿外科主任吳天麟首先堅決否認他在95年的手術中切掉了張書蘋的左腎。吳天麟說，張書蘋左腎被切除的說法完全是無中生有的捏造。
徐州中心醫院認為，徐州六院級別不夠，醫生水平低。2005年2月25號，在泉山區法院的全程監督下，張書蘋來到醫患雙方都認可的徐州第一人民醫院再次做CT檢查，結果仍是左腎缺如。
2005年5月，徐州市醫學會對張書蘋的手術進行鑒定，出具了三點分析意見：第1、治療沒有違反醫療原則；第2、確認手術中切除左腎無依據，第3、因手術后時間較長，未見正常左腎，其原因難以確定。
張書蘋不服，2006年2月，江蘇省醫學會再次鑒定，認為沒有左腎被切除的確定證據，不排除左腎萎縮之手術并發癥。
省市兩級醫學會都認定，1995年的手術不屬于醫療事故。
這個結論讓張書蘋感到非常失望。張書蘋認為，醫學會的鑒定不排除人為偏袒的嫌疑，鑒定稱“左腎萎縮”是手術后遺癥缺乏科學性。
醫學資料和腎病專家提示，腎臟萎縮只是腎的功能消失，但腎臟器官仍然存在，經儀器檢查能明顯看到腎的實質占位。張書蘋的左腎經多次檢查，都是“左腎缺如”，這種后果與萎縮癥狀不符，卻完全符合切除特征。
張書蘋的代理律師北京市浩東律師事務所張生貴律師說：對比徐州市和江蘇省兩級地方醫學會的鑒定書，可以發現，在“左腎”是否存在的問題上，兩家地方醫學會的鑒定結論本身即存在著矛盾。徐州市醫學會的鑒定書寫道：沒有見到正常左腎；江蘇省醫學會的鑒定書卻寫的是：可以見到左腎區存在模糊結構。其實，就是江蘇省醫學會的鑒定書本身也存在語焉不詳、令人難以理解的地方。鑒定書中先認為：左腎區存在模糊結構，接著又表述：不排除左腎“萎縮“之手術并發癥。因此，張書蘋方面并不認同這兩份鑒定書。
張書蘋的代理律師張生貴（北京市浩東律師事務所律師）說：我們對兩級“不是醫療事故”的結論存在重大質疑，主要理由是兩份鑒定的主要內容只是對95年的手術過程進行簡單重述，沒有進行實質性鑒定，更沒有對患者左腎缺如后果造成的原因予以審查，根本沒有鑒定損害后果與發生原因這個本應當認真核實的主要問題；第二個理由：那次的手術畢竟對患者的身體器官造成了現實損傷，確實存在損害后果，醫學鑒定必須為此查找引發此后果的原因，但鑒定結論形成答非所問的矛盾；當時的鑒定還存在一些問題，當時親自為患者例行臨床檢查的醫生所做的報告單結論是“左腎缺如”，而同一張CT報告單，醫學會的人員閱片時卻又閱出了一個“萎縮”，對同一張片子兩個部門的專業人員給出的結論內容完全不一樣，所以患者對兩級醫學會的鑒定深表質疑。”
張書蘋的左腎缺如，即左腎不存在，目前已經沒有爭議。徐州中心醫院方面自己也承認這一事實。醫務處田主任：“從2000年到現在，不管哪一次，B超也好，CT也好，所有的，只要是正常操作的話，出來的結果肯定都是腎缺如。”
但是，當時的主刀醫生吳天麟認為，1995年的手術很順利，不存在誤切的可能。徐州中心醫院和吳天麟把左腎缺如的原因歸結為腎萎縮：“手術順利，但因為過了多年，又是病理的腎臟，以后發生病變，完全是有可能的。”
張書蘋的親屬陳楓說，4月19號，她們拿著張書蘋的CT片子找過協和醫院的趙玉祥教授，趙教授等幾位專家進行了會診。專家告訴他們，“缺如”是醫學用語，就是完全沒有，而腎臟即使發生萎縮了，也還應該保留一個殘腎，會有5到8厘米的殘核。