達爾文在《物種起源》一書中比較多地推崇自然選擇，認為生物進化中有害的突變比較多，有利的突變很少，而經過長期的進化過程，有利的突變經過自然選擇終于占了上風。
但后來科學研究發現，物種的有害突變和有利突變都不是很多，多的是對于自然選擇來說不好也不壞的中性突變，這后一類突變與進化的關聯還有待深入細致的研究。
《物種起源》特意回避人類的進化問題
據新華社電書籍是人類進步的階梯，150年前出版的《物種起源》則幫助人類登上了一個高高的臺階。而從高處回望，還可以看見位于《物種起源》之下的層層疊疊的書籍階梯。
受多位學者啟發
最早的一塊奠基石，可以追溯到2300多年前古希臘的亞里士多德。后來，又有人提出了各種各樣的進化學說。其中一個重要的臺階無疑是拉馬克的“用進廢退”學說，尤其巧合的是1809年他的著作《動物的哲學》出版，正好是達爾文出生那一年。
不過，和《物種起源》的誕生聯系最為緊密的也許是以下幾本。1831年，達爾文開始環球航行時，隨身攜帶了一本英國地質學家萊爾剛剛出版的《地質學原理》。結束環球考察回到英國后，達爾文又認真閱讀了馬爾薩斯的著作《人口論》。書中對人口過度增長而生存空間有限的論述，直接啟發達爾文提出在自然選擇下適者生存的進化學說。還有一本書堪稱“鋪路石”，就是1844年在英國出版的匿名讀物《自然創造史的遺跡》。
后來便是眾所周知的英國青年科學家華萊士在1858年給達爾文寄來的論文，文中提到前者對進化論的獨立思考，其理論與達爾文十分相似。
1859年11月24日，達爾文比原計劃提前出版了《物種起源》一書，他當時覺得這不過是構思中鴻篇巨制的“摘要”，這從最初他所擬書名《通過自然選擇物種起源的論文摘要》就可看出。后來經與出版商協商，刪掉了“摘要”一詞，其書名簡稱為《物種起源》。
曾回避人的進化問題
達爾文在《物種起源》中小心翼翼地避開了一個關鍵問題：人是否也像其他動物一樣是通過自然選擇進化而來的呢？如果承認這一點，勢必完全推翻“神創論”，對當時的宗教和社會造成革命性沖擊，這正是達爾文謹慎的原因。
1871年，他出版了另一本論述人類起源的重要著作，全面利用進化思想解釋了人類的起源問題，為幫助科學最終徹底沖破“神創論”的束縛作出了重大貢獻。
達爾文進化論主要觀點
1859年11月24日，達爾文的《物種起源》一書出版。這本書極大地沖擊了“神創論”，引起教會激烈反對，但也得到許多有識之士的贊賞和維護。此后，達爾文的學說在全球廣泛傳播，不斷深入人心。19世紀70年代，達爾文的學說傳入中國。
《物種起源》系統闡述了進化論思想：第一，一般進化論。物種是可變的，現有物種由別的物種演變而來，一個物種可以變成新物種，這是已被科學界普遍認可的觀點。第二，共同祖先說。目前，分子生物學已發現所有生物都使用同一套遺傳密碼。第三，自然選擇說。第四，漸變論，即物種是通過微小的優勢變異逐漸改進的。