但戴季陶對毛澤東來到重慶和對他的拜訪，“表示敬重”，并對毛澤東的重慶之行“寄予熱切的期望”。為盡地主之誼，他還請張治中代約時間宴請毛澤東，他在邀請信中說：“……前日毛先生惠訪，未得暢聆教言，深以為歉！……一別二十年，一切國民所感受之苦難之解決，均系于毛先生此次之欣然惠臨重慶，不可不一聚也。”9月30日晚，毛澤東、周恩來等人應邀出席了戴季陶的宴會。席間，他們僅敘往年共事之友情，不談其他的敏感話題。
1946年春，戴季陶隨國民政府從山城重慶還都南京，他率屬員返抵原考試院舊址辦公。這時該地呈現一片破敗不堪的景象，使他感嘆不已。1947年6月南京國民政府改組，他繼續任考試院院長。此間，他的神經衰弱癥復發，整日郁郁寡歡。內戰爆發后，他認為共產黨的勢力日益發展壯大，會取代國民黨。為此他向蔣介石進言：“今茲倭寇降而共匪熾，正與捻匪當年局勢無殊，故戰后艱難將十倍于戰時，不可掉以輕心。”他極力反對國共談判，曾對蔣介石說“切不可視共產黨為合法之團體，匪首為正當之人物，言論為正當之道理”。 三大戰役結束后，國民黨的精銳部隊全部喪失，戴季陶非常痛心，向左右哀嘆：“時局日下，衰病之身，毫無所補，每一念及，則深惶汗。”
1949 年1 月21 日，蔣介石被迫下野，辭去總統職務。蔣介石下野后不久，就布置黨政軍要員撤往臺灣。當有關人員通知戴季陶去臺時，他一口拒絕：“不去了，但愿回四川老家以竟終年，伴父母于九泉，盡人子之責。”1949 年2 月10 日，他對秘書說：“國軍難以據守西南，四川必為共產黨所得。他們不會放過我，我也不甘當他們的階下囚。”身病加心病的戴季陶，既不愿隨蔣介石殘喘臺灣，又怕成為共產黨的俘虜。1949 年2 月11 日，他終于吞服安眠藥自殺。