聯合戰略司令部實質上是跨軍兵種軍事集群的聯合指揮機構，本戰略方向上軍區轄區內的陸軍、海軍艦隊、空軍、防空兵甚至地方強力部門和機構都歸其統一指揮。戰略火箭兵和航天兵仍直屬總參謀部指揮，反映出俄羅斯堅持戰略遏制的國家安全指導思想。
俄軍最初計劃將新軍區直接命名為“聯合戰略司令部”。經過權衡，決定暫時保留和平時期使用的軍事術語——“軍區”，當出現軍事威脅時再更名為“聯合戰略司令部”。為體現目前處于過渡時期的性質，現在使用“軍區（聯合戰略司令部）”這種叫法。
俄羅斯軍區制改革的經驗和教訓
俄羅斯軍區制改革屬于觸動國家基本軍事體系的重大軍事變革，它影響社會各個階層，關系各軍兵種部隊和全體官兵，與國家和軍事安全直接相關。新的4大軍區（聯合戰略司令部）已經運行兩年。在俄羅斯國內，對這項重大改革既有大力支持者，也不乏批評的聲音，對它的討論和研究一直都沒停止。對俄羅斯軍區制改革進行分析，其經驗和教訓可以總結為以下幾個方面：
第一，謹慎推進。俄羅斯在各個領域的改革一貫有“大刀闊斧，雷厲風行”的風格。對于軍區制改革，決心下得堅決，推進卻很謹慎。多采取“先試點、再推廣”的策略，配套改革緊跟，發現問題及時糾正和調整，行不通則果斷中止。改革進程雖然多次受挫，但也為新軍區（聯合戰略司令部）的組建做了體制、人員和心理上的準備。
第二，過渡機制。新舊體制交替之際容易造成指揮混亂，在軍區制向跨軍兵種聯合司令部體制轉變過程中，俄軍設立了過渡機制。如俄軍曾決定不再設立中間指揮層次，直接實行“總參謀部—作戰司令部—旅”的三級指揮體系。但軍事演習表明，難以越過集團軍司令部對集團軍下屬部隊實施有效指揮，因此集團軍司令部仍被保留了下來。
第三，適應角色。聯合戰略司令部統一指揮軍區轄區內各軍兵種部隊，但軍區司令部傳統上只懂得指揮陸軍，缺乏指揮海軍艦隊、防空兵等其他軍兵種部隊的經驗和軍官，自身職能和角色需要調整和適應。另外，各軍兵種部隊指揮權移交給聯合戰略司令部后，各軍兵種部隊仍保留有自己的指揮層次，會出現官僚主義和指揮不暢等現象，也需要一個適應過程。
第四，軍演檢驗。軍事指揮體系改革過程中，蘇軍和俄軍多次舉行多軍兵種大規模聯合軍事演習，將其作為檢驗和評估改革效果的最好手段，同時也是探索、驗證、調整改革舉措的最佳方法。
第五，協調難度。聯合戰略司令部還負責指揮本戰略方向上和轄區內的地方強力部門及機構的部隊，包括國家安全局所屬邊防部隊、內務部所屬內務部隊及緊急情況部所屬部隊等。為有效應對已存在或潛在的軍事矛盾，如武裝沖突、地區性或局部戰爭，需要地方強力部門和機構的密切配合，協調工作量和難度均前所未有。
第六，人為阻力。機關裁撤，人員分流，權限移交，必然觸動多方利益，遭遇阻力不足為奇。俄總統普京、總參謀長巴魯耶夫斯基和馬卡羅夫、國防部長伊萬諾夫和謝爾久科夫在各自任上都曾推行過軍事指揮體制改革，決心堅定，手段強硬，仍未得圓滿，人為抵觸不可小覷。目前，俄軍正逐步完善配套措施并及時到位，以解決軍人后顧之憂，減少改革進程中的阻力。