戰略方向司令部的組建，可使各軍兵種和軍事集群在戰役-戰略層次上的戰場協同更為緊密，指揮員能夠在更廣闊的戰場空間和總體上把握戰區局勢，做出正確指揮決策。
蘇軍組建戰略方向司令部時曾擔心總參謀部、軍兵種司令部和軍區之間實行協同指揮會使軍事指揮體系更為復雜，實際運行狀況正是這樣。另外，軍區的作戰指揮權移交給戰略方向司令部，遭到了軍區所屬相關人員的強烈抵觸。直至蘇聯解體，戰略方向司令部的職責關系一直沒有理清，同時也未被授予過指揮全權。最終，蘇軍總參謀部中止了戰略方向司令部的運行。
第二階段是成立地區司令部和職能司令部階段。俄軍的第一次車臣戰爭失利，第二次車臣戰爭慘勝，與美軍在海灣戰爭、科索沃戰爭的輕松取勝形成了鮮明對比，促使俄軍啟動了新一輪軍事指揮體制改革。
俄軍初始改革方案是賦予軍區司令部以戰役-戰略司令部的職能，組建聯合軍事指揮機構，但未能成功，主要原因是當時沒有對總參謀部進行改革，軍區司令部得不到指揮權限。
2004年，俄軍解除了總參謀部的大部分軍事行政職能，只保留判斷軍事威脅、研究武裝力量使用、制定戰略與作戰計劃、組織軍事演習等與作戰有關的職能，將作戰指揮權下放，由國防部長對武裝力量實現“一長制”領導。
2005年，俄軍按地區和職能籌建作戰司令部，將軍兵種司令部、軍區和海軍艦隊的作戰指揮權移交給地區司令部和職能司令部。軍兵種司令部只負責管理、裝備和訓練，軍區和海軍艦隊只承擔預備役訓練、動員與物資準備、領土防御與戰場建設等任務。
地區司令部平時就擁有對軍區轄區內各軍兵種部隊的指揮權，戰時無需調整就可以指揮本戰略方向上的作戰行動。此前，軍區雖然具有地區司令部的大部分職能，但仍承擔著過多的軍事行政職能，且只對轄區內的陸軍部隊擁有作戰指揮權，若要指揮其他軍兵種部隊，仍須通過軍兵種司令部和總參謀部協調。
這樣，最終將形成“總統-國防部長（通過總參謀部）-作戰司令部”的作戰指揮體制以及“總統-國防部長-軍兵種司令部”的行政管理體制，真正做到軍令軍政分開。
職能司令部包括戰略核力量、空天防御、機動力量和戰略投送司令部等。地區司令部包括西部、南部和東部等3個。
俄國防部首先就東部地區司令部進行試點，相繼舉行了“貝加爾-2006”、“東方-2007”、“地區-2007”、“阿穆爾”等大規模聯合軍事演習，檢驗和評估從軍區制向跨軍兵種聯合司令部指揮體制轉變的效果和可行性。
演習表明，不對國防部和軍兵種司令部進行配套改革，在頂層實行真正的軍政軍令分開，跨軍兵種聯合司令部指揮體制難以有效運行。此外，地區司令部是疊加在軍區之上的重復指揮機構，存在職責不清等問題。另外，作戰指揮權集中于地區司令部和職能司令部，自然遭到失去作戰指揮權的軍兵種部隊的強烈抵制。2009年，地區司令部運行中止。
第三階段是探索成立聯合戰略司令部階段。實際上，新4大軍區組建前的原6大軍區就扮演著地區司令部的角色，具有對轄區內各軍兵種部隊組成的聯合部隊實施統一指揮的職能。至于使用“地區司令部”還是“軍區”的名稱問題，俄軍則認為并不十分重要，最重要的是，最高統帥部和軍區之間不要出現中間指揮環節，且必須確保軍區對各軍兵種部隊的直接指揮。
2009年，俄軍舉行了“秋季-2009”大規模軍事演習。演習表明，軍區制對俄羅斯西部和南部地區的戰略任務要求有不相適應之處。俄羅斯決心對軍區轄區進行調整，按戰略方向組建目前的4大軍區及聯合戰略司令部，這是俄羅斯對新的地緣戰略態勢、新對手、新威脅有了新認識的結果，與《2009～2011年俄羅斯軍事改革規劃》和《2020年前俄羅斯聯邦國家安全戰略》中闡述的總體國家安全構想保持一致。