地市報業發展的不平衡性。從全國層面看，經濟發達的地區，地市報業發展水平高，日報每天出到對開十幾版、二十幾版、三四十版甚至上百版。在大部分欠發達地區地市報的發行量大都只有萬把份、二三萬份，版面大都為對開4版或4開4版，其影響力受到嚴重制約。同時，在欠發達地區，報紙的品種比較單一。
人才流失嚴重。欠發達地區報社比較冒尖的人才，往往被大城市的都市報或沿海城市的報社"吸走"了，造成一部分市級報紙人才結構不合理，年輕有本事的跑了，剩下的大都年紀偏大，隊伍嚴重老化。報業經營管理人才更缺。有的報社一年的廣告經營收入只有二三萬元，當地經濟發展水平低是主要原因，缺乏經營人才，不善經營也是一個重要方面。
報業經濟結構單一，風險性大。西部地區的報社基本上都依賴于廣告收入，這也是造成報業發展水平低的一個重要原因。東部發達地區，報業經濟結構單一、抗風險能力低的情況也不同程度地存在。以浙江省為例，全省報社每年經濟收入在22億元左右，除了廣告與發行，其他經營收入只有3億元左右，只占全省報業經濟的1/7。過于單一的報業經濟在市場競爭中是很脆弱的，房產、醫藥廣告和紙張市場稍有風吹草動，報業經濟就會"感冒"。這種"靠天吃飯"的模式，是地市報發展的一大隱患。
報業體制改革不夠深入、不夠徹底。即使在東部發達地區，以人事制度、干部制度、分配制度為主要內容的體制改革也遠遠滯后于企事業單位。一是報業體制的轉換，即使是改革試點單位也很難做徹底，造成地市報社隊伍懶散，管理乏力，觀念落后，效率低下。二是未能真正建立起適應市場的黨委領導下的法人治理結構，實現國有資產的授權經營，使報社能獨立地面對激烈競爭的市場，真正激活微觀主體。
在改革發展過程中政策層面存在的問題
報業文化體制改革與政府原有政策不配套。浙江省一家報社的印務中心是省文化體制改革試點單位，其引入民營經濟成功改制的經驗被中央文改辦轉發全國。運行中，碰到了一個沒想到的問題：報社拿出來合資的資產--印刷機原來是免稅進口的。合資后，海關來查了，說它的免稅期沒有到，合資辦廠等于偷逃關稅。印刷機的免稅額是很大的，這個事很嚴重。后來市委領導出面協調，解決起來仍很困難。人事制度的改革困難更大。改革中，總有一部分員工面對優勝劣汰是要下崗的。可是，員工在這個改革單位干得不好下崗了，但在其他單位則不會下崗，不會不合格，因為混日子的地方還是有的。還有，中央規定文化體制改革試點單位的免稅問題，一些地市政府部門不執行。
地市報的發展與生存空間受到不同層面的擠壓，惡化了地市報的生存環境。主要是受到國家機關與大的傳媒集團跨地區辦報、發行以及省報集團在地市所辦報紙的擠壓比較嚴重。全國性報社與省報所辦的都市類報紙，版面多，銷售價格低，對地市報在發行、廣告、新聞等方面都構成了挑戰，分吃了地市報的"蛋糕"。為應對惡性競爭，地市報不得不大量"燒錢"，降低報紙發行價格、廣告價格，擴招新聞采編人員，地市報的利潤越來越薄，有的甚至陷入嚴重虧損的局面。
報刊管理上存在的問題。如浙江的紹興、金華、臺州、衢州等地區報社都反映有些廣播電視報違規做新聞，尤其是刊登低俗新聞和違規刊登低價廣告，嚴重擾亂了當地的廣告市場。而當地職能部門往往只盯日報、晚報等地市黨報與都市報，對廣電報出現的違規問題不大管。一些非本省報社在地市報所在城市辦的報紙在新聞刊發、報刊發行等方面出現的違規問題時有發生，但當地管理部門管不了，造成同城媒體"生存待遇"不同，導致競爭中的不公平、不對等，使地市報處于弱勢地位。