必須說明，盡管張純如耗費多年，做了大量調查，搜尋到很多寶貴的文獻資料，但她畢竟還不是嚴格意義上的歷史學家。作為一本研究現代重大歷史事件的著作，《南京暴行》一書寫作上有些過于感性，嚴肅的歷史考證有時退居次席。感人至深的主題及內容敘述，讓本書登上暢銷書排行榜，卻也因為史料方面的硬傷使作者受到批評。
《南京暴行》剛一出版，大屠殺“肯定派”歷史學家秦郁彥便直接指出，該書中有11張照片為“偽造”，“大屠殺派”的笠原十九司、本多勝一讀完該書，也表態希望張純如將書中失誤之處加以修正。
而“否定派”干將東中野修道（日本亞細亞大學教授）迅速出面指責稱，張純如這本書，僅前面64頁里就可找到不下90個史實錯誤。隨后，東中野又出版了《南京屠殺的徹底檢證》一書，針對支持南京大屠殺存在的史料，幾乎逐條反駁一遍，沉寂多時的“否定派”著實雀躍了一番。
東中野修道的主要論調是：日軍在南京確有殺戮俘虜的行為，但他宣稱，殺俘是為了清除便衣士兵，在當時中日兩國尚未正式宣戰（編者按：太平洋戰爭爆發后，1941年12月9日，國民政府正式對日、德、意宣戰）的狀態下，不違反國際法原則。
至此，日本的南京大屠殺“否定派”悄悄轉移了重心，從否定大屠殺的史實，轉為否定“違反國際法”。2001年，日本法學家佐藤和男出版著作《南京事件與戰時國際法》，里面甚至提到：日本在攻陷南京時，并沒有加入1929年在日內瓦締結的《關于戰俘待遇的公約》（又稱日內瓦第二公約），不殺俘虜的規定不適用于中日兩國。
逆流順流
戰后日本長期由傾向保守的自民黨執政，但日本學界、輿論界卻往往是左翼占上風。比如率先刊發本多勝一揭露日軍在華暴行專欄的《朝日新聞》，政治立場上向來就是中間偏左，標榜進步、自由，帶有強烈的左派國際主義觀點。正是這些左翼媒體與學者多年來不斷地研究、傳播，才使日本當年的戰爭罪行得以被更深入地揭露出來。
但近兩年來在一些微妙的政治氣氛左右下，日本輿論界的左翼力量有所弱化。
比如2014年年初，曾公開否認南京大屠殺的作家百田尚樹，居然出任了日本放送協會（NHK）的經營委員；8月份，《朝日新聞》宣布為上世紀90年代，一篇強征慰安婦的“錯誤報道”致歉。