除了零星地屠殺功臣，朱元璋還制造了兩起堪稱杰作的集體大屠殺。一起是胡惟庸案。胡惟庸本系朱元璋的老鄉，所謂淮西勛貴之一，相當于漢光武的云臺二十八將。洪武十三年，朱元璋突然宣布胡惟庸權力過大，權力過大就可能要謀反，而謀反是大逆不道的，既然大逆不道，自然只有死路一條。胡惟庸被賜死也罷，株連者更多達一萬五千人，其中包括名列開國功臣之列的二十二名公侯級顯貴。朱元璋的親家，也是元老級的李善長也在案中，朱元璋法外施仁，以功大不問。但時過十年，朱元璋還是放不下殺機，又窮究胡惟庸案，將李善長等一萬五千余人處死。這時，李善長已經七十七歲了，在朱元璋手下干了整整三十九年。要說他造反，不要說天下人不相信，恐怕朱元璋自己也不會相信。
胡惟庸案之后，朱元璋又炮制了藍玉案。藍玉本是常遇春部將，屢立戰功，曾大破北元軍隊，俘虜過北元的侯王及公主、嬪妃等，朱元璋將他比做衛青、李靖。洪武二十六年，天下已然太平，是殺走狗的時候了。錦衣衛的一名中級軍官離奇地指控藍玉謀反，朱元璋對此不查不問，吩咐立即把藍玉下獄，迅速地處以滅族，受牽連而死者二萬余人。
殺了藍玉，朱元璋下詔說：“藍賊為亂，謀泄，族誅者萬五千人，自今胡黨、藍黨概赦不問。”其實早已不用再皇恩浩蕩，盡赦罪人了，因為此時“元功宿將相繼盡矣”。
如果說朱元璋大殺功臣還可以用忌諱功臣們反叛來做說辭的話——事實上這種可能性幾乎沒有，歷代開國功臣，設若不是皇帝將他們逼得走投無路，還真沒幾個造反的——那么有時候他的殺人只能用人性的陰暗和對殘忍的熱愛來解釋。
《明良記》中記載：“高皇帝(指朱元璋——引者注)嘗欲食湯餅，光祿寺上供，治具不精，多所誅戳。因言往時入一山寺中，僧進湯餅甚佳，今竟不能致。馬后聞之，乃親制數盤，極粗糲，以獻帝，帝一時食盡，后問何如，帝曰佳甚，后曰，往時入山寺，乃當困乏時，食物覺美。今富有四海，錦衣玉食，饜飫之余，顧以口腹枉害人命乎！遣使尋山寺僧問法，乃以嫩雞作粉搜面為之，使復命，盡戳寺僧。”
僅僅因為吃一湯餅，竟然就大動殺機，光祿寺負責伙食的人被殺了，山中的和尚也都被殺了。這種干法，就是春秋時那位廚子沒把熊掌燉好而砍了廚子手的晉靈公也干不出來，卻出自一位被正史贊為“尊崇正學，加恩勝國，澄清吏治，修人紀，崇風教”的有明君之稱的帝王之手。面對他那一長串極盡歌頌的謚號“太祖開天行道肇紀立極大圣至神仁文義武俊德成功高”，真叫人不寒而栗。
比這更能看出朱元璋陰暗心理的還有更精彩的個案。據說朱的元配夫人馬皇后的腳很大(想來也正常，朱元璋所娶之妻原本不過是鳳陽一村姑嘛)，這本不是什么太丟人的事，可朱元璋大概由于出身寒門，因此特別在意別人的評論，以至發展到了神經質的疑神疑鬼的程度。《鳳凰臺紀事》中云：“元宵都城張燈，太祖微行至聚寶門外，見民間張一燈，燈上繪一大足婦人懷一西瓜而坐。上意其有淮西婦人大足之訕，乃剿除一家九族三百余口，鄰里俱發充軍。”
就像阿Q忌諱別人說他是禿頭一樣，朱元璋雖然在開國之初尚公開承認他出身低微，后來卻對出身變得極為敏感。洪武二十九年，杭州府學教授徐一夔的賀表中有“光天之下，天生圣人，為世作則”之語，本是對朱元璋的馬屁之語，但這回馬屁拍到了馬腿上，朱元璋龍顏大怒，處死了這名倒霉的小官。按朱元璋的另類解讀，“生”者，僧也，“光”者，指剃發也，“作則”則為做賊，是諷刺他年輕時既當過和尚，又做過小偷。