1998年3月5日，境外的“東突”恐怖組織“東突民族中心”用炸彈襲擊中國駐土耳其伊斯坦布爾總領(lǐng)館。
1998年4月7日，“東突”恐怖組織在葉城縣公安局負(fù)責(zé)人、縣政協(xié)副主席和喀什地區(qū)行署副專員住宅門前等處，連續(xù)制造8起爆炸事件，炸傷8人。
1998年5月23日，“東突解放組織”成員在烏魯木齊市華都商廈、大西門、河灘路布料批發(fā)市場、長征旅社批發(fā)市場、紅山木材市場、烏魯木齊旅社、商貿(mào)城等繁華場所放置了40多枚化學(xué)自燃縱火裝置，制造了15起縱火案，由于及時(shí)發(fā)現(xiàn)和撲救，才未造成重大危害。
1999年8月23日，以牙生買買提為首的十余名“東突”恐怖分子闖入喀什地區(qū)澤普縣波斯喀木鄉(xiāng)派出所指導(dǎo)員胡達(dá)拜爾迪·托乎提家中，將胡和其兒子殺害，然后縱火，致使胡妻被燒成重傷。
1999年10月11日，3名恐怖分子在和田市棉麻公司棉花收購站棉花堆中安放定時(shí)爆炸引燃裝置，燒毀棉花約2噸。
1999年10月24日，“東突”恐怖分子襲擊澤普縣賽力鄉(xiāng)公安派出所，槍殺2人，槍傷2人。派出所10間房屋、1輛吉普車和3輛摩托車被燒毀。
2000年3月，“東突解放組織”在吉爾吉斯斯坦槍殺了拒絕與其合作的吉爾吉斯斯坦“維吾爾青年聯(lián)盟”主席尼合買提·波薩科夫。
2000年5月，境外“維吾爾解放組織”，為籌集資金，在吉爾吉斯斯坦綁架了一新疆商人，勒索10萬美金，并殺害了該商人的侄子，之后又縱火焚燒了比什凱克中國商品市場。5月25日，“東突”恐怖分子襲擊了新疆人民政府赴吉爾吉斯斯坦處理縱火、綁架案的工作組，造成1人死亡、2人受傷。行兇后，恐怖分子潛逃至哈薩克斯坦，并于同年9月，在阿拉木圖市殺害了2名調(diào)查此案的哈薩克斯坦警察。
2001年2月3日，“東突”恐怖分子殺害喀什地區(qū)疏附縣法院干部買買提江·亞庫甫。
2001年8月，“維吾爾圣戰(zhàn)組織”使用自動武器襲擊新疆庫車縣公安局，庫車縣公安局黨委書記兼局長陳平犧牲，另有7名公安人員受傷。在瑞士的“東土耳其斯坦信息中心”發(fā)言人迪里夏提宣稱此事件的目的，是對此前新疆自治區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人向香港商人訪問團(tuán)承諾“在新疆投資不會受到民族問題影響”的回應(yīng)。
在此期間，“東突”恐怖組織為了培訓(xùn)骨干，還在新疆境內(nèi)一些偏僻地區(qū)建立秘密訓(xùn)練基地。如1990年“伊斯蘭改革者黨突擊隊(duì)”在葉城縣伯西熱克鄉(xiāng)建立了訓(xùn)練基地，該基地先后舉辦3期訓(xùn)練班，共培訓(xùn)了60余名恐怖分子，訓(xùn)練內(nèi)容包括宗教極端主義和恐怖主義理論，爆炸、暗殺等恐怖活動的技能，體能訓(xùn)練等。就是這些經(jīng)過訓(xùn)練的恐怖分子參與了1991年至1993年在新疆各地的爆炸、暗殺、搶劫等重大恐怖活動。
1998年2月，境外“東突厥斯坦伊斯蘭運(yùn)動”頭目艾山·買合蘇木派遣數(shù)十名恐怖分子入境，在新疆和內(nèi)地一些偏僻地方建立了10多處訓(xùn)練基地，共對150多人進(jìn)行了爆炸技術(shù)培訓(xùn)。同時(shí)按照境外提供的配方，大量購置化學(xué)原料，秘密制造炸藥和爆炸裝置。新疆警方于1998年9月在烏魯木齊火車北站一倉庫里，一次就繳獲制爆化學(xué)原料20多種300多箱，總重量達(dá)6噸。除了上述比較集中的培訓(xùn)外，還有大量零散的，3至5人一組的小訓(xùn)練點(diǎn)。一些訓(xùn)練點(diǎn)同時(shí)也是武器、彈藥和爆炸裝置的制造窩點(diǎn)。新疆警方在打擊恐怖活動過程中，查獲了許多地下恐怖訓(xùn)練點(diǎn)和武器彈藥制造工場，收繳了大量的手雷、手榴彈、雷管、槍支、彈藥等。
1999年，境外“東突厥斯坦伊斯蘭運(yùn)動”派遣的恐怖分子在新疆和田地區(qū)7個(gè)縣市建立數(shù)十處秘密訓(xùn)練基地和制造爆炸物的據(jù)點(diǎn)，制造了大量武器彈藥。僅被警方繳獲的手雷就有4500多枚，各種槍械98支以及大量制造工具等。