1944年伊犁、塔城和阿爾泰三個地區在蘇聯的支持下成立了“東突厥斯坦共和國”。蘇聯此舉是“醉翁之意不在酒”，其真正目的并不是支持新疆獨立，而是要以新疆問題做交換籌碼，迫使中國政府承認外蒙古和蘇聯在中國東北的特權。1945年8月中蘇友好條約簽署，達到了蘇聯的預期目的，因此蘇聯要求“東突厥斯坦共和國”與國民黨政府談判，成立新疆省聯合政府。麥斯武德、伊敏、艾山等“東突”分裂分子也被安排在聯合政府中任職。由于“東突厥斯坦共和國”的實權掌握在反對新疆獨立的阿合買提江等人手中，因此最后“東突厥斯坦共和國”無果而終，但事實上的獨立一直維持到1949年解放新疆為止。因為這個伊斯蘭政權是反對國民黨的，而且并沒有公然提出分裂的口號，所以新疆解放以后，人民政府從團結的角度出發，把這一事件稱為“三區革命”，作為中國新民主主義革命的一部分，并將民族軍改編為解放軍第5軍。但是這一事件的負面影響不容忽視。
新疆解放后，麥斯武德被關押，伊敏、艾山等再次聞風而逃。“東突”分裂運動再次受到沉重打擊，但并沒有因此而絕跡，分裂主義思想并未徹底根除，其影響依舊存在。只要有合適的環境條件，又會迅速死灰復燃。
“東突”的發展
“東突”分裂運動在20世紀后期開始惡性發展，近年來第一個發展趨勢是聯合，由于歷史原因，長期以來“東突”分裂組織大多是在境外，活動分散，而且規模和影響都較小。20世紀80年代以后，中國開始實行改革開放，蘇聯解體和中亞各國獨立，給“東突”分裂主義者卷土重來帶來了機遇。原先各自為政一盤散沙的“東突”分裂組織達成了統一集中發展的共識，提出了“統一組織、統一綱領、統一領袖、統一武裝、統一行動”的目標。先后出現了“伊斯蘭真主黨”、“伊斯蘭改革黨”等聯盟性質的組織。
1992年12月，“東突”分裂主義者在沙特、土耳其的資助下，在伊斯坦布爾召開了“東突厥斯坦民族代表大會”，來自中亞、美國、澳大利亞、巴基斯坦、德國、沙特、土耳其、瑞士等國的30多個分裂組織的頭目參加了大會。在此次大會上成立了“東突厥斯坦國際民族聯合委員會”，確定了國名（東突厥斯坦國）、國旗（月牙旗）、國歌（夏迪雅）和國徽，標志著境外“東突”分裂主義運動走向聯合。
1993年4月5日，美國、德國、法國、巴基斯坦、沙特及中亞等17個國家的“東突”分裂組織代表再次在土耳其舉行了“東突厥斯坦”國際會議，宣布建立統一流亡政府，任命熱扎彼肯為“政府首腦”，發表了獨立宣言，并呼吁聯合國、國際人權組織和伊斯蘭組織向中國施加壓力，還聲稱將與“民運”組織、達賴集團進行“聯合行動”。
1996年10月在和田，來自新疆十幾個州（縣）的分裂組織代表舉行會議，宣布成立“伊斯蘭真主黨”，通過了黨綱、組織建設等七項文件，這標志著境內分裂勢力開始由分散走向聯合。
第二個發展趨勢是國際化。90年代以后，“東突”分裂組織逐漸從地下轉為公開，并開始朝著國際化趨勢發展。中亞地區“東突”分裂勢力的總頭目莫哈里索夫就曾公開表示：“要實現獨立，沒有國際的支持不行，沒有西方的支持不行，僅有少數國家的支持也不行。要打‘國際牌’，使新疆問題國際化”。近年來，“東突”分裂組織更是明確推行國際化的策略：擴大在中亞、西亞等伊斯蘭國家的政治影響和生存空間，淡化分裂活動的民族宗教色彩，而是將所謂民族宗教問題與人權問題掛鉤，把分裂活動提升為“民族解放運動”，以爭取西方大國的支持。為此，分裂組織的頭目頻繁與西方大國接觸，并連年在西方國家舉行的聽證會上作證，到處舉辦“東突厥斯坦問題”國際研討會、展覽會，并不斷組織示威活動，同時充分發揮因特網等現代通訊傳媒的作用，擴大影響。