12月17日下午，崔永元正式在其個人微博發表聲明入職中國傳媒大學任教，此前眾說紛紜的“離職說”總算塵埃落定。然而，離開央視后的崔永元本色不改，除了繼續落地河南衛視錄制文化類節目《成語英雄》，在節目錄制第二天后遠赴美國調查轉基因真相，誓將“實話實說”到底。
崔永元和方舟子紛爭的焦點是近年來的“轉基因食品”。對于轉基因，崔永元站在普通大眾的角度，認為我不了解的東西，那么我可以選擇不吃，我不愿意做第一個吃螃蟹的勇士，這是我的權利。但是小崔口中的選擇權利卻招致方舟子的炮轟，他在微博回應小崔：“你沒有資格質疑，應當創造條件讓國人可以天天吃轉基因食品。”
作為知名主持人，崔永元的大膽之言和執著一向出人拔萃，面對方舟子的反擊與其在微博上展開論戰，兩人也從單一的轉基因食品是否安全話題轉移到對個人人品的質疑，崔永元在微博中對方舟子向央視告狀自己一事表示：“假裝在網上和你辯論，私下向你單位偷偷告狀，告狀的頻率是每周一告或每天一告，單位與你核實用一天或一周，如此這般，周而復始，惡心。”
日前，正在美國拍攝轉基因紀錄片的崔永元意外發回一段個人視頻，視頻中的他言辭激烈，表示：“在推廣轉基因技術這方面，我覺得其實我們看到了另一個方舟子，這個方舟子有點利益熏心，這個時候他開始不講邏輯不講方式，甚至不講科學的方法，也不講科學的規律，就是一個懂一點科學的一個市民混混，甚至我說難聽一點，就是一個文痞甚至流氓，就是這樣一個角色。”(搜狐娛樂)