除了專業研究者，今天了解這部宋代工具書的中國人寥寥，但杜牧的詩《清明》幾乎無人不知。據清華中文系教授劉石考證：《清明》最早被典籍記載，見于《錦繡萬花谷》后集第26卷。當時標題是《杏花村》，作者不詳。只注“出唐詩”，后來的人把此詩的作者附會成杜牧。
2012年4月，受北京匡時(微博)拍賣有限公司之邀，中國國家圖書館、上海圖書館、南京圖書館、中國社會科學院、北京知名高校圖書館的古籍學者為即將拍賣的過云樓藏書撰寫論文。若干位專家以《錦繡萬花谷》為題。《錦繡萬花谷》確是宋刻本是所有學者的共識。
古籍界衡量“善本”書的三個原則第一是歷史性，年代越早越好；第二是學術性；第三是藝術性，主要針對套印本、版畫等特殊版本。雕版印刷技術在唐代臻于成熟，宋代人繼承前朝技術優勢，加之社會日漸富裕，學術有了長足發展。學人開始對古代文獻進行系統整理、翻印。很多重要文獻都是經宋人的刻印才得以保存至今。由于當時用印刷品牟利的意識還不強，宋版書的商業氣息比明以后的書要小很多，且刻印精致，錯誤較少，較好地保證了古文獻的可靠性。“宋版書”因此成為歷代版本中的精品。自明末清初，“佞宋”之風越演越烈。
“全宋刻本”且集齊前后八十卷的《錦繡萬花谷》因此成為此次拍賣最大的賣點。
應匡時之邀，國家圖書館研究館員、國家文物鑒定委員會委員李致忠、中國美術學院教授范景中曾撰文，梳理《錦繡萬花谷》的版本流變和學術價值：
南宋晚期學人陳振孫說它“門類無倫理，序文亦拙”。但因為實用性較強，在宋代此書便曾一印再印。
明朝人學步宋人編纂大型百科全書，并且大面積重刊宋代類書。《錦繡萬花谷》在明代有三個刻本。明代《天一閣書目》、《內閣藏書目錄》、清代《四庫全書總目》、私人藏書家瞿鏞的《鐵琴銅劍樓藏書目錄》、陸心源的《皕宋樓藏書志》、清末民初版本學家、金石學家楊守敬的《日本訪書志》都曾提到此書。
其中《內閣藏書目錄》卷四提到1536年之后，錫山人秦汴得到宋刻《錦繡萬花谷》后加以翻刊。所翻刊版本前集、后集、續集各40卷，別集30卷，是《錦繡萬花谷》最全的版本。楊守敬在《日本訪書志》中提到《錦繡萬花谷》時說是“宋槧明印本”，每半板十二行，行二十一字。此次拍賣的過云樓藏《錦繡萬花谷》與楊守敬描述的版式行款完全相同。李致忠據此認為，過云樓藏本以實物說明，《錦繡萬花谷》在宋代的確曾經有過十二行本系統。
一位研究古籍的學者告訴南方周末記者：“按今天的標準，哪怕一本書里有一半甚至只有幾頁是宋刻，剩下全是元明清遞修的，也叫宋刻本。很多人說過云樓藏的《錦繡萬花谷》是全宋刻的，其實大家都明白里面肯定有遞修，只是誰也不說遞修的程度。”
蘇州文育山房舊書店店主、版本學家江澄波告訴南方周末記者：此次匡時拍賣的《錦繡萬花谷》實為一部宋代殘本書，80卷中有兩本是明版。
撇開版本，單從學術價值考量，清華大學中文系教授劉石考證，古代目錄書著述的類書有一千余種，存世至今的也有五百余種，而“在為數眾多的古代類書中，《錦繡萬花谷》雖然擁有一個富于詩意的名字，無論從規模還是從質量上看，并不引人注目”。
《錦繡萬花谷》可以讓今人一窺宋代人的知識結構，也能幫今天的學者鉤沉、修訂散失的古籍。但自清代以來，學者已有共識，“舛誤甚多，未可全信”。《錦繡萬花谷》輯錄過不少宋詩，是后人選編宋詩經常借助的材料，錯誤不在少數，諸如把楊萬里“畢竟西湖六月中”、蘇轍《簡寂觀》謬歸于蘇軾等等。