奏折檔案是最直接的原始史料，存檔后難以面世。北京故宮午門東側文華殿南的內閣大庫內檔是它的藏身之所，包括皇帝詔令、臣僚奏折、朱批諭旨、實錄、圣訓、會典、起居注、以及殿試考卷等，內也夾雜宋元刻本殘書等，汗牛充棟。近代流失嚴重，如清末內閣大庫失修后遭水淹，光緒25年一次清查霉爛就銷毀4500捆庫存文件，另一部分則被人為盜賣后移出宮外，成為國家圖書館、北京大學收藏的主要來源，其中經由1916年歷史博物館籌備處挑選出較完整的存于故宮午門之上的62箱，1502袋，后來歷經北京大學整理，直至1930年由故宮博物院接收。
1922年北洋曹琨賄選，政府財政吃緊，教育部、歷史博物館籌備處連職員工資都發不出， 經當時的教育部同意，歷史博物館籌備處以廢紙名義出賣存放于故宮午門外朝房內的明永樂至萬歷年間的檔案，約十幾萬斤，售價3000大洋，這批珍貴的明代檔案至此無影無蹤。同年，再次出售歷史博物館存放于端門及朝房里的檔案，包括清順治到宣統年間的檔案15萬余斤，裝了8000麻袋，售價4050元大洋，這批檔案少部分流散民間。
奏折的內容是決定收藏價格的最重要因素。現在有朱批的普通奏安折，價格價格已達2萬元，內容比較特殊的，賣價就更高。
嘉德公司1996年4月春季郵品拍賣會上，拍了兩件奏折，一件是乾隆三十八年(1774年)二月十八日為護理陜西巡撫畢沅給乾隆皇帝的奏折，主要報告陜西軍事驛站分布情況。另一件是清光緒八年(1883年)三月十三日，宗室謙禧、永德上光緒皇帝奏折，主要請示蒙古和新疆等地驛站馬匹津貼腳費情況，光緒皇帝圈點和朱批64字，成為研究新疆和蒙古驛站的重要史料。
在2006年的中國嘉德春拍中，有一件乾隆年“勘夷使進藏”奏折，由大學士鄂爾泰等上奏，內容為已勘查一條鮮為人知的由新疆經甘肅、青海進入西藏的驛站郵路，奏折后有乾隆皇帝御筆朱批“依議速行”，成交價達到9.02萬元。（中國證券報）