焦占軍不以為然。“我們和閆亞平是承包關系，即使存在偷稅行為，我最多負的也是領導責任。”他告訴記者。
2000年12月28日，安國市國稅局以其認定的偷稅額減去多交稅款和已補交的20萬元款項，出具了稅務處理決定書，責令大仁藥業(yè)補交稅款158萬余元，并加收滯納金127萬余元。焦占軍那輛象征身份的紅旗轎車隨后被扣押。
焦占軍終于急了。他一紙訴狀遞至保定市中級人民法院行政庭，狀告安國市國稅局不執(zhí)行國家稅法。但未及立案，這次起訴就被保定市國稅局調(diào)解下來，紅旗轎車被歸還了。
“為什么他們不敢對簿公堂？因為他們沒有執(zhí)行國家稅法，按照國家稅法規(guī)定，增值稅以商品增值部分乘以17%計算，而安國當?shù)禺敃r卻有一條‘土稅法’,即只要使用票據(jù)，不管是否增值，國稅局和地稅局都分別要收取票據(jù)數(shù)額1%的稅款。”焦占軍告訴記者，這也是閆亞平為何要開具“大頭小尾”發(fā)票的原因，“增值稅是逃不了的，要逃的是‘土稅法’”。
在最后的判決里，國稅局的這份處理決定書，被認定“適用法律錯誤”。
突如其來的偷稅罪
焦占軍以為事件就此平息，卻未想這只是開始。
時隔半年，2001年7月3日，安國市公安局、檢察院以稅務局的處理書為依據(jù)，突然將焦占軍刑拘，同年8月批捕。10個月之后，安國市檢察院以涉嫌虛開增值稅發(fā)票罪對大仁藥業(yè)、焦占軍和閆亞平提起公訴。
法庭上焦占軍辯稱，閆亞平和安國市中藥材供銷公司簽有承包協(xié)議，因此閆亞平的犯罪行為與大仁藥業(yè)和焦占軍沒有關系。未想同為被告人的閆亞平卻否認說，她并沒有與焦占軍簽訂承包協(xié)議，協(xié)議上的簽名不是她寫的，對檢察機關指控的罪名沒有異議。
2003年1月，安國市法院最終以偷稅罪一審對大仁藥業(yè)判處罰金366萬余元，追繳違法所得183萬余元；判處焦占軍有期徒刑4年，并處罰金183萬余元；判處閆亞平有期徒刑3年，緩刑3年，并處罰金178萬余元。
宣判后，焦占軍上訴到保定市中級法院，中院以事實不清為由撤銷原判發(fā)回重審。
重審中，焦占軍提供了17份總額169萬元的稅票，稱是大仁藥業(yè)應抵扣而未抵扣的稅票。他提出，北京同仁堂給大仁藥業(yè)的貨都是帶稅商品，大仁藥業(yè)在購貨時已經(jīng)按價稅付款，有這些發(fā)票證實。
大仁藥業(yè)從同仁堂購入貨后，以低于進貨價賣出，并未增值，不產(chǎn)生增值稅。焦占軍向《法制日報》記者解釋說，因為我國對中成藥的市場價有統(tǒng)一規(guī)定，因此大仁藥業(yè)在與同仁堂的合作中都是將中成藥以低于進貨價賠錢銷售，然后從草藥方面盈利以彌補虧空。
幸運的是，法院在最終的判決中確認了這169萬元稅票是大仁藥業(yè)在購貨時按票上價稅付款；而不幸的是，這僅被作為“從輕處理的情節(jié)予以考慮”。
2003年7月20日，安國市法院將焦占軍的刑期改判為有期徒刑3年，緩刑4年。罰金和違法所得未作變動。
此時，焦占軍被拘押已經(jīng)2年零17天，患上了糖尿病、心臟病等多種嚴重疾病。在繳納了7萬元的保證金后，他被從看守所里放出來。他告訴記者，躺在看守所里，他唯一的信念就是：“我一定要活下來。”
8年申訴終獲清白
在重獲自由后的第三天，焦占軍拖著病體開始了申訴、上訪之路。在此后的8年中，焦占軍變賣了所有家產(chǎn)，鼓動全家人四處舉債，成了上訪專業(yè)戶，而案件也經(jīng)歷了多番輪回。
2003年11月26日，在多次前往河北省反映情況后，時任省人大內(nèi)司委主任看到了他的材料，并批轉省高院立案庭庭長查復，后又批轉至保定中院，中院轉到安國市法院立案復查。此后多年雖時不時有一些好消息出現(xiàn)，但沒有絲毫實質(zhì)性進展。