金陵寺位于商州西南商熊公路18公里處，距熊耳山4公里，古稱上秦川。金陵寺鎮因金陵寺古剎而得名，山川秀美、物產豐富、人杰地靈，是商洛的歷史名鎮，昔日與柞水的紅巖寺、楊斜的松云寺、東龍山的東岳廟、城內的大云寺、城西的二龍山古廟、五峪川的歇馬殿相媲美，建筑風格和規模僅次于大云寺而遠遠超過其它寺廟。金陵寺現為金陵寺鎮政府所在地，每遇農歷雙日逢集，是金陵寺人的政治、經濟、文化、教育中心。
金陵寺古剎地處金陵寺北坡之下，坐北向南，寺河和上秦古道從寺前穿過，騾馬隊東來西往，交通便利。因為依山傍水，加之東山較高，北坡較低，每當晨曦初露，紫霞浮頂，蒼靄橫腮，紫氣騰騰。金陵寺的名聲之所以大，說是沾了明太祖朱元璋的光。
元末戰亂，民不聊生，至正(1341—1368)年間，安徽淮河一帶旱蝗連年，百姓餓死倒斃者十之五六。鳳陽農家子弟朱元璋的父母兄長半月內相繼死去，家破人亡，只好投靠皇覺寺的叔父。然而亂世大災，皇覺寺被災民吃得水斷糧絕，寺僧隨之云流星散，叔侄二人云游乞討。三年之后，叔父把侄兒又送到皇覺寺棲身，自己到了商州上秦川，見一古廟沒于荒草，雖久經曠廢，卻場地儼然，遂披荊斬棘，除茅結寺，焚香潔戒，修舉廢墜。這個苦僧就是朱元璋的叔父定慧禪師。定慧禪師崇尚儉樸，熱衷民間公益，修官道，筑河堤，插風柳，栽柏樹，挖水井。十七年后，投奔郭子興的朱元璋做了皇帝，遂號令天下人尋找叔父，讓其到金陵(南京)享榮華富貴，但叔父不允，只得同意仍在上秦川做主持，朱元璋親題“金陵古剎”匾額，撰一對聯“長空天鏡佛陀自在大乘車，高臺白云香露永存密宗盤”，并題一牌位“如朕親臨”，字跡端莊古拙，赫然耀目，州官縣令遇見均磕頭參拜；御賜很多土地為廟產，兼理農耕，一時香火復興，金陵寺聲名遠播。
年復一年，到清嘉慶年間，古剎年久失修，加之社會穩定，經濟繁榮，于嘉慶二十二年(1817年)三月進行規模最大的重建，現二殿大檁下板墊處有“大清嘉慶歲次丁丑桃月上浣之吉闔社人重修”字樣佐證。寺院長老，僧侶俗眾，四方鄉鄰，社會名流，商鋪老板集資捐款，踴躍參與，上秦川人全力支持制磚燒瓦，砍伐木料，擔運白灰，聘請能工巧匠，設計重建了四進12間大殿及別有韻味的六角鐘樓，在東邊修建了戲樓一座，僧房一院計20余間，東北有香客宿舍，灶房、碾房、磨房、倉庫、牛圈計12間，加上之前留下的古柏和水井，又植竹子，栽了名貴花木，挖了魚池，從而形成了占地30余畝，殿殿相通，屋屋互連，蔚為壯觀的寺院。二殿前有八座石碑，記載著金陵寺重修的歷史和各方居士捐贈、建筑的功名。所拆舊料廢物再用，在洞坡對面重修廟宇，1967年拆毀，并入寨凹廟，后被熊耳山中學改為校舍，1970年移至東窯村，現已廢除，寨凹廟夷為平地，不復存在。
金陵寺古剎建筑宏偉，設計獨特，結構嚴謹，檐牙尖聳，樓閣環抱，殿內方磚鋪地，院庭青石相嵌，曲折長廊，雕梁畫棟，色彩顯明，壁畫典雅，形象生動，泥塑神象，栩栩如生。前殿匾額“金陵古剎”古拙凝重，戲樓上有“鶯歌燕舞”字跡鳳舞龍飛。每殿格門欞窗，有水墨板畫，左邊為菊梅二幅，右為蘭竹二幅。壁畫內容有二十四孝圖、《封神演義》等，現仍清晰可辨。
六角鐘樓高一丈八尺，六柱著地，樓頂猶如西安鐘樓，聚處如鉤，角檐相湊若斗，五脊六獸，古樸大方，精美堅固。懸有一口鐵鐘，高六尺，口徑二尺八寸，上有銘文，鑄工精細，六角有小鐵鐘六個。每逢初一、十五，長老撞鐘，聲音渾厚、悠揚，上秦川各社幾乎都能聽到。金陵寺的戲樓無論是從建筑原理到聲學原理，都堪稱一絕。金陵寺的全部建筑、泥塑、雕刻、繪畫、祭具、碑文、書法，都達到高度境界。