其一，軍餉問題。
當時為了軍餉問題已經發生了多次軍變。寧遠這樣的國防第一要地，欠餉達四個月之久。袁崇煥殺了幾個為首的軍官，暫時平息了局勢。可是軍餉遲遲不到，兵士又嘩變。朝廷一次又一次的欠餉，袁崇煥提出了發“內帑”，“內帑”是皇帝私家庫房的錢。崇禎為此很不高興，不愿把自己的錢拿出來，最后才很不得已的拿出錢來。(看李自成攻破北京后，府庫清單所列，府庫存銀叁千七百萬兩，金數千萬兩，而戶部僅銀四十萬兩、捐銀二十萬兩。可見國庫之虛，而皇帝的私家庫房還是很充足，崇禎很舍不得拿自己的錢出來)。
其二，議和問題。
袁崇煥罷官時候，皇太極開始自稱皇帝。
袁崇煥回任之后，與皇太極開始和談，用以拖延時間。皇太極對和談極有興趣，立即作出有利反應。袁崇煥提出先決條件，要皇太極先除去帝號，恢復稱“汗”。皇太極居然答允。但要求明朝皇帝賜一顆印給他，表示正式承認他“汗”的地位。(皇太極一直千方百計的求和，不但自己寫信給明朝邊界官員，又托朝鮮居間斡旋，要蒙古王公上書明朝勸告。每一個戰役的目標，都是“以戰求和”。他清楚的認識到，滿清決計不是明朝的敵手，明朝的政治只要稍上軌道，滿清就非亡國滅種不可。滿族的經濟力量很是薄弱，不會紡織，主要的收入是靠搶劫。)再看一段史實記載。
《天聰實錄稿》六年六月，清太宗致崇禎皇帝信：“滿洲國汗謹奏大明國皇帝：小國起兵，原非自不知足，希圖大位，而起此念也。只因邊官作踐太甚，小國惱恨，又不得上達……今欲將惱恨備悉上聞，又恐以為小國不解舊怨，因而生疑，所以不敢詳陳也。小國下情，皇上若欲垂聽，差一好人來，俾小國盡為申奏。若謂業已講和，何必又提惱恨，惟任皇帝之命而已。夫小國之人，和好告成時，得些財物，打獵放鷹，便是快樂處。謹奏。”可見皇太極有相當的自知之明，用辭十分謙卑。而崇禎毫不理會，對滿清始終堅持“不承認政策”，不承認他有獨立自主的資格，決不與他打任何交道。既不了解形勢，又妄自尊大，并且還激怒了皇太極。崇禎二年，皇太極親自帶兵，集兵十余萬，避開袁崇煥防守的東路，由蒙古兵作先導，繞道西路進攻。(可見滿清之入侵，不是一個山海關可以守住的)清軍越叁河，略順義，至通州，渡河，進軍牧馬廠，兵勢如風，攻向北京。袁崇煥兩日兩夜急行軍叁百余里，比駐軍于北京廣渠門外。兩軍在廣渠門外大戰，惡斗八小時，清兵終于不支敗退，退了十余里。袁崇煥知道這一仗僥幸獲勝，在軍事上并不可取，尤其在京城外打仗，更不能貪圖僥幸。他對部屬說：“按照兵法，僥幸得勝，比打敗仗還要不好。”袁崇煥其時因為急于救援，來的兵力較少，他想等到集結大規模兵力，再對清兵進行徹底的反擊，于是他調度部分兵力深入敵后騷擾清兵，沒有將所有援兵都調來守北京。本來這個戰略是很正確的，皇太極這次孤軍深入，已經犯了兵法大忌，按照袁崇煥的想法，完全有可能將滿清部隊一次性的擊潰。要知道，滿清根本無法承受一次這樣的毀滅性打擊。所以袁崇煥在等待最好的戰機，等待勤王大部隊的集結。就在這個時候，清兵潰敗之后，心中不忿，在北京郊外大舉燒殺出氣。北京城的居民顧著自己身家性命，說袁崇煥不肯出戰，別有用心。許多人說清兵是他引來的，目的在“脅和”，使皇帝不得不接受他一向所主張的和議。有人在城頭向城下的袁部騎兵拋擲石頭，罵他們是“漢奸兵”。石頭砸死了幾名兵士。崇禎看到袁崇煥遲遲不肯決戰清兵，又聽到北京城了謠言四起，憂慮重重。加上皇太極恰到好處的一個“離間計”。崇禎終于把袁崇煥下獄了。得到袁崇煥下獄的消息，皇太極大喜，立即自良鄉回軍，至蘆溝橋，擊破明副總兵申甫的車營，迫近北京永定門。崇禎催促滿桂(袁崇煥手下大將)冒險求戰，滿桂不得以出兵，全軍覆沒。祖大壽(袁崇煥手下大將)本來率軍營救京城，看到袁崇煥下獄，掉頭沖出山海關北去，結果又被袁崇煥修書回兵，意圖打勝戰立功救出袁崇煥。和清兵接戰，收復了永平、遵化一帶。切斷清兵后路，逼迫清兵退回遼東。(袁崇煥死后，舊部祖大壽、何可綱率軍駐守錦州、寧遠、大凌河要塞，清軍始終不能越雷池一步。)當時各地來北京勤王的部隊很多。袁崇煥下獄，導致各路兵馬軍心大亂，再加上欠餉和指揮混亂，山西和陜西的兩路援軍都潰散回鄉，成為“流寇”的骨干。