經過１８天的航程，搭載“蛟龍”號的“向陽紅０９”母船于當地時間６日晨抵達位于東北太平洋的中國多金屬結核勘探合同區，開始第二航段作業。科考隊在為預定７日的“蛟龍”下潛進行“熱身”準備。
現場指揮部初步決定，“蛟龍”號將在當地時間７日７時（北京時間８日１時）進行第二航段首次下潛，下潛深度約為５２００米。這將是“蛟龍”號自２００９年以來進行的第６３次下潛。
本次下潛的位置在夏威夷東南方５００多海里處，“向陽紅０９”船停留的具體坐標是北緯１０度０１分，西經１５４度１８分。這是我國享有專屬勘探權和優先開采權的多金屬結核勘探合同區，在這個７．５萬平方公里的合同區里，錳、銅、鈷、鎳等金屬結核的豐度和品位較高。
根據科考隊的日程表，在這個合同區內有１０至１２天的作業時間，其間將進行５次預定下潛和２次機動下潛。
“１１日之前的海況都還可以，我們要抓緊這個時間窗口，把幾次下潛搞好。”現場總指揮劉峰在船一到位就立即到前甲板巡視，表示對海況還比較滿意。
記者從國家海洋環境預報中心隨船氣象員孫虎林處獲知，當地海域在今明兩天的天氣是多云有陣雨，東到東南風４到５級，浪高１．５到２．０米，到７日下午轉東到東北風４到５級，短時陣風６級。這都屬于三、四級海況，而“蛟龍”號可以在五級海況以下作業，天氣條件滿足下潛需求。
天時、地利均已具備，科考隊也展現各司其職的“人和”，為下潛進行準備：副總指揮、安全總監李向陽叮囑大家戴安全帽穿防滑鞋；潛航員召集所有計劃下潛人員宣讀深潛作業規程；調查儀器保障員王友亮用不同材料的小卡片做防腐試驗；水面支持系統技術人員高偉、李德威有條不紊地操作ＣＴＤ絞車，為“蛟龍”下潛先探個路。
“ＣＴＤ是重要的常規調查設備，用來測量作業海區海水的溫度、鹽度和深度。對‘蛟龍’號還有特別的作用，就是根據這些參數計算潛水器下潛和上浮所需的壓載配重。”現場副總指揮、水面支持系統負責人丁忠軍介紹說。
ＣＴＤ設備下到５０００米海深，獲得聲速剖面數據后回收至甲板，隨后開始布放用于潛水器水下定位的長基線信標。
對于即將開始的第二航段“蛟龍”探海，深潛部門負責人葉聰說：“下潛作業分為工程下潛、應用下潛和培訓下潛。７日的首次下潛是工程下潛，目的是檢驗潛水器的性能。其后幾次都是應用下潛，由潛航員、工程技術人員和科學家共同完成。”
本次“蛟龍”號試驗性應用航次分３個航段共計１１３天，在圓滿完成位于南海的第一航段任務后，搭載“蛟龍”號的“向陽紅０９”母船于７月１９日從廈門起航，經過５２８１海里的航行，６日抵達了第二航段作業區。這次航行時間達１８天，超過了“向陽紅０９”船２０１１年搭載“蛟龍”號從江陰出發到本海區進行海試前航行１４天的紀錄。