雖然企業已經成為我國科技投入的主體，但還未真正成為技術創新的主體。截至2010年，全國大中型工業企業中，仍有71.7%的企業未開展研發活動，企業R&D經費占主營業務收入的比重為0.93%，而歐美日發達國家已普遍達到2%以上。中共中央、國務院《關于深化科技體制改革加快國家創新體系建設的意見》提出，到2015年大中型工業企業的這一比例要達到1.5%，為此，“十二五”期間年均增幅必須達到0.11個百分點以上。但實際情況是“十一五”期間這一比例年均增幅僅為0.03個百分點，可見實現1.5%的發展目標，其任務是多么艱巨。
我國企業模仿創新居多，原始創新活動很少。例如，2011年我國6579億元企業R&D經費支出中，科學研究（基礎研究和應用研究）經費為198億元，僅占3%，比“十一五”末期下降了5個百分點，而世界主要國家企業R&D支出中科學研究所占比重普遍在20%以上。與企業相比，我國政府科研機構在原始創新、戰略高技術研發方面具有較強實力，但在社會公益類研究方面仍顯不足。此外，高等學校研究人員缺乏穩定科研經費支持，不能專心從事基礎研究工作；市場化運作的新型科技服務企業發展遲緩。總體看，建設一個高質高效的國家創新體系還面臨諸多挑戰。
高技術產業經濟效益增長乏力，結構性問題十分突出
高技術企業是調整產業結構、提高國家競爭力的生力軍。10年來高技術企業的發展壯大有力推動了我國產業經濟轉型升級。2007年我國高技術產業增加值已超越日本，僅次于美國，居世界第2位。2010年我國高技術產業增加值占制造業的比重為13%，已與德國（12.8%）、法國（14%）及日本（15.4%）的水平相當。根據聯合國商品貿易統計數據，我國高技術產品出口額已經占全球總額的20%，遙遙領先于美、德、日等國家而居世界首位。高新技術產業開發區已經成為匯聚高新技術企業、促進區域經濟發展的重要力量，高新區生產總值已占國內生產總值的8%，具備了從產業聚集區向產業創新區轉變的條件，北京中關村、上海張江、武漢東湖等國家自主創新示范區在提高自主創新能力、創新型國家建設進程中發揮重要作用。
盡管我國高技術產業規模已經世界領先，但其創新能力弱、經濟效益差以及“三資”企業比重高等結構性特點一直未變，高技術企業集聚的高新區亟待從生產集群向創新集群轉變。2011年，我國高技術產業R&D強度（R&D經費/工業總產值）為1.63%，與制造業平均水平相比并無明顯差距；發達國家這一比值已普遍在5%以上，均為制造業平均水平的3—4倍以上。我國高技術產業研發投入強度僅能滿足產業發展一般需求，自主創新能力不足導致高技術產業關鍵技術受制于人的狀況短期內難以扭轉。
同時，我國高技術產業經濟效益狀況不容樂觀，產值利稅率、銷售利潤率、人均利稅、勞動生產率4項指標相繼在2002年、2003年、2006年和2010年低于制造業總體水平。我國高技術產業無論是在獲利能力、勞動效率還是稅收貢獻方面，都已經落后于制造業平均水平。按總產值計算，高技術產業中“三資”企業所占比重大約為2/3，“三資”企業的產品出口占我國高技術產品出口總額的60%以上，造就了中國作為世界高技術產品制造工廠的地位，但產業核心技術、關鍵設備以及市場需求均在海外，從而受制于人。如何增強高技術企業自主創新能力，提升高技術產業技術水平和產業經濟效益，我國仍有很長的路要走。
提高科技創新能力的政策建議
優化科技資源結構。我國科技投入強度（R&D/GDP）正處于1%—2%之間的膠著增長階段，遠遠落后于發達國家，科技投入的累積效應還沒有充分體現出來。政府必須繼續增加投入規模，引導企業投資于創新活動。在保證R&D/GDP穩步提高的同時，更加關注資源投入的強度和結構問題。應著重加大對基礎研究和應用研究的投入，增強科學研究在R&D投入中的比重，扭轉我國這一比重長期低于發達國家20個百分點的現狀，增強國家原始創新能力。