調(diào)整編制體制，提升快速反應能力
冷戰(zhàn)結(jié)束后，來自蘇聯(lián)的威脅消失，日本面臨的安全威脅轉(zhuǎn)為“新型威脅和多種事態(tài)”。日本開始推進自衛(wèi)隊改革，調(diào)整陸上自衛(wèi)隊編制體制，目標是構(gòu)建一支“多能、靈活、有效”的防衛(wèi)力量。對陸上自衛(wèi)隊的“瘦身”首當其沖，重點是壓縮部隊規(guī)模，減少重型裝備，使部隊由傳統(tǒng)的重裝型向靈活機動型轉(zhuǎn)變。
從1996年開始，日本開始改革冷戰(zhàn)時期確立的陸上自衛(wèi)隊“13師2混成旅”編制進行改革，并于2009年度完成并確立“9師6旅”的編制，形成由政經(jīng)中樞、沿岸部署、戰(zhàn)略機動等多種類型師、旅組成的陸上自衛(wèi)隊。
2006年度末，日本在朝霞基地新編中央快反集團。該集團由日本防衛(wèi)大臣直接管轄，是一支具有戰(zhàn)略預備隊性質(zhì)的快速反應部隊，總兵力約4500人。中央快速反應部隊有“自衛(wèi)隊味精”的綽號，因為它整合了陸上自衛(wèi)隊幾乎所有能第一時間出動的精干力量。
后來又經(jīng)過幾次整編，至2013年度末，陸上自衛(wèi)隊形成了8個普通師、1個機動裝甲師、6個旅、5個混成旅和中央快反集團的編制。其中，中央快反集團和1個裝甲師為機動作戰(zhàn)部隊，其余8個師和6個旅為平時固定部署部隊。
2013年的新防衛(wèi)計劃大綱提出，日本將在陸上自衛(wèi)隊中設置新的司令部——“陸上總隊”，以統(tǒng)領(lǐng)陸上自衛(wèi)隊北部、東北、東部、中部、西部五個方面隊（相當于軍區(qū)），屆時“中央快反集團”將撤編，轉(zhuǎn)隸至“陸上總隊”。同時對目前的兵力結(jié)構(gòu)進行調(diào)整，形成由3個機動師、4個機動旅、1個裝甲師、1個空降旅、1個直升機旅和1個水陸兩棲機動旅組成的“機動作戰(zhàn)部隊”，其余5個師和2個旅作為平時固定部署部隊。其特點是加強機動作戰(zhàn)力量，同時保持和軍區(qū)的地域守備力量，形成地域守備和機動應變的雙型部隊配置。目前，這項改革尚在進行中。
建立聯(lián)合作戰(zhàn)體制，與美軍無縫對接
美國、俄羅斯等國家在軍事轉(zhuǎn)型中相繼建立了聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制。日本作為美國的重要盟友，在指揮體制上也追隨美國，逐步建立起既適合本國國情，又方便與美軍對接的聯(lián)合作戰(zhàn)體制。
日本于2006年3月27日正式成立聯(lián)合參謀部，同時撤銷參聯(lián)會，建立起以聯(lián)合參謀部為核心的聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制，把原來各軍種參謀長的作戰(zhàn)指揮權(quán)統(tǒng)一收歸到聯(lián)合參謀長手中，各軍種參謀長被剝奪作戰(zhàn)指揮權(quán)，由聯(lián)合參謀長指定聯(lián)合任務部隊指揮官對部隊實施統(tǒng)一指揮。各軍種參謀長退出指揮鏈后，專門負責本軍種的建設、訓練、人事和管理等工作，成為“力量的提供者”，而聯(lián)合參謀長成為“力量的使用者”，從而建立起軍政軍令分開的一元化指揮體制。聯(lián)合參謀長直接向首相負責。
日本自衛(wèi)隊新的聯(lián)合作戰(zhàn)指揮體制鏈條為“聯(lián)合參謀長—聯(lián)合任務部隊司令（各方面隊司令或中央快反集團司令、聯(lián)合艦隊司令、航空總隊司令或未來的陸上總隊司令等）—聯(lián)合任務部隊”三級指揮體制。
特別需要注意的是，作為美國在亞洲最重要的盟友，日本的聯(lián)合指揮體制還要和美軍對接，便于實施高效的聯(lián)合作戰(zhàn)。2012年3月，日本航空自衛(wèi)隊航空總隊司令部遷入駐日美空軍司令部橫田基地，同時在橫田基地設立“日美聯(lián)合作戰(zhàn)協(xié)調(diào)所”。2013年3月，陸上自衛(wèi)隊中央快反集團司令部從朝霞駐地遷入駐日美軍陸軍第1軍司令部的座間兵營（神奈川縣），另外，海上自衛(wèi)隊與駐日美海軍第7艦隊同在橫須賀基地。因而，日本陸海空主要司令部與美軍太平洋戰(zhàn)區(qū)三軍戰(zhàn)術(shù)司令部已經(jīng)實現(xiàn)整合，自衛(wèi)隊的三級指揮體制與美軍的三級指揮體制分別對應，戰(zhàn)時可實現(xiàn)指揮鏈的“無縫對接”：日聯(lián)合參謀長對應美太平洋總部或中央總部等戰(zhàn)區(qū)司令；日各軍區(qū)司令或中央快反集團司令（或未來的陸上總隊司令）對應美陸軍第1軍司令，日海上自衛(wèi)隊聯(lián)合艦隊司令對應美第7艦隊司令，日航空總隊司令對應美駐日空軍司令；日聯(lián)合任務部隊對應美聯(lián)合特遣部隊。