導致女性不孕的第三位原因是內分泌異常。在這些內分泌異常中，有多囊卵巢綜合癥、閉經泌乳綜合征、低雌激素血癥、Kallmann綜合征和促性腺激素缺陷等。盡管病理生理機制復雜，但最終都是卵巢內的卵細胞無法成熟或者無法排除而不孕。此外，其它內分泌器官的異常如甲狀腺、腎上腺以及胰島素分泌的異常，也可以導致女性不孕。內分泌異常的患者，多數需要經過相應的內科治療而受孕，部分需要手術，少數患者需要在輔助生育技術幫助下獲得妊娠。
生殖器官的畸形如子宮縱膈、斜膈、或者生殖道的腫瘤如子宮肌瘤等，在某些情況下也可以引起不孕，但這些異常都可以通過手術矯正，使子宮恢復正常后也是可以受孕的。卵巢上的囊腫和良性腫瘤如畸胎瘤，卵巢旁的囊腫如輸卵管系膜囊腫，也會影響輸卵管卵巢的功能，在手術切除或矯正后，多數會很快受孕。但輸卵管感染結核后形成的不孕癥，治療上十分麻煩。現在這個病在城市已經很罕見，但在農村尤其是貧窮的地方，還是不少的。即使將結核治愈了，部分患者也難以受孕。輔助生殖技術對這些人的幫助也似乎不大。
在放開二胎生育后，有些以前接受過輸卵管絕育術的婦女，現在也有強烈的生育愿望。一般而言，結扎的輸卵管吻合后，多數患者可以再次生育，但是如果結扎的輸卵管產生了積水，復通后的輸卵管功能恢復起來有點困難，其輸卵管即使復通了，但由于積水的那段輸卵管內的纖毛受到破壞，缺乏蠕動功能，還是會導致不孕。這類患者年齡一般較大，生殖能力較低。因此，一旦決定再次生育，在試孕期過后，應該及時接受輔助生育技術。
免疫因素引起的不孕，是少數女性不孕的原因。女性體內可以產生抗磷脂抗體(APA)、抗核抗體(ANA)、抗DNA抗體等，這些抗體存在于不同的組織內，屬于非器官特異性抗體。臨床上對這類抗體的檢測技術比較成熟，臨床資料比較豐富，因此，學術界對這些抗體的作用了解得相應較多。而另外一些抗體如抗精子抗體(ASAb)，抗卵巢抗體(AOVAb)、抗子宮內膜抗體(AEMAb)和抗絨毛膜促性腺激素抗體(AhCGAb)等，是針對某一特點器官或者組織的，屬于器官特異性抗體。其抗原成分復雜，檢測標準化程度低，與不孕癥的關系還有很大的不確定性。因此，這類抗體陽性的女性，其實沒有必要很擔心。
對于免疫因素引起的不孕，應該針對不同的抗體采用不同的方法，以減少抗體的產生。如連續使用避孕套6-9月，和/或服用抑制免疫系統的藥物，使女性身體在這段時間內不接觸抗原，從而降低抗精子抗體的濃度；使用宮腔內人工授精技術，以排除宮頸粘液中抗體對精子的阻隔作用等。
最后要談的是不明原因的不孕癥。這類患者男女雙方都沒有問題，或者說查不出原因。由于原因不明，治療就比較麻煩，一般要通過輔助生殖技術予以解決，但我見到過1例患者，夫婦雙方的精子和卵子就是不結合，在培養皿內也無法授精。好在這類患者非常罕見。