中原地產市場研究部總監張大偉分析，保障對象范圍狹窄、結構性供需不匹配是保障房空置率高的主要原因。特別是像北京這樣的大城市，除了極少數低收入群體外，本地戶籍的大部分家庭都是有房產的。這些人更期待位置合適的保障房。因此如果有100個人需要保障房，但70人是流動人口，30個本地人又對保障房要求較高，那么就會出現一邊是棄購、棄選導致保障房空置率較高，另一邊卻是流動人口想購購不得、想住住不進。
結構性供需不匹配導致的空置，在公租房上表現得最為明顯。今年年初，北京最大的公租房項目——京原家園就遭遇了三成家庭棄選，棄選家庭就表示希望等待購買有產權的限價房。在深圳、杭州、武漢等城市，也陸續出現了候選家庭棄租公租房的行為，有的城市棄選比例甚至接近五成。
“不努力買不起保障房，一努力工作又超標了”
——尷尬的價格與收入定位，使限價房、經適房等出售型保障房喪失競爭力
定價不合理，是保障房遭棄的一個原因。日前公布的數據顯示，2012年山東省9個市40個縣的1.29萬套保障性住房處于閑置狀態，其中4個市、22個縣的4870套保障性住房因未及時分配而空置6個月以上。價格優勢不明顯是主因。例如，去年底青島城陽白沙灣片區的1848套限價房，僅收到申請143戶。不少申請者表示，與周邊商品房相比，限價房便宜1000多元，但戶型設計與物業景觀差得多，且今后出售也面臨諸多限制，價格優勢就不明顯了。
建設標準不合理，也使保障房失去競爭力。例如，淄博的部分新建經濟適用房面積大多設定在60平方米，套內面積約45平方米，而當地的住房困難標準是人均居住面積在15平方米及以下。如果三口之家搬入經濟適用房，等于多花了銀子還是沒有解困。
申請保障房的準入條件苛刻，更是爭議的焦點。據介紹，不少地方政府一是害怕輿論壓力，怕被扣上“補貼富人”的帽子；二是財力有限，擔憂供應不足，于是把保障房的覆蓋面縮得極小，把申請保障房的家庭收入線定得較低，有些地方甚至僅把保障房供應對象鎖定在低保家庭。2012年北京申請經濟適用房的兩口之家，家庭年收入就應不足36300元。這意味著人均月收入不足1513元的家庭才有資格申請經適房，而當年北京市最低工資標準都在1260元。這一方面決定了具有購買資格的家庭購買力十分有限，另一方面又導致部分低收入家庭被申請保障房的收入門檻絆住。
“不努力，買不起房，可你努力工作了，就超標了，保障房大門關了。我就沒搞懂，政府花這么多錢蓋房子，究竟想不想讓人住進去？”家住北京西城的侯先生，兩口子前幾年的年收入不到36000元，與父母擠在40多平方米的房子里，本來符合北京市經適房的申請條件。可這兩年因工作努力，侯先生月薪增加了200元，一下子被踢出了申請隊伍。“要是讓我去馬駒橋、去大興，我就愿意。怎么就把我們這樣的拒之門外了呢？”
此外，保障房從竣工到消防、園林等驗收合格，需要一定周期；從驗收合格到分配入住還需要經過申請、審核、搖號、公示、簽訂入住合同等一系列程序，也需要時間，因此客觀上講，保障房也確實存在一定的空置周期。
穩定就業的外來人員將被納入保障范圍
——專家建議新建保障房讓位于更易實施的住房補貼政策，使保障對象選擇余地增加，最大程度減少尋租空間
目前，我國力爭建設3600萬套保障房的計劃已實施過半，通過完善制度，提高保障房使用的效率，已刻不容緩。
張大偉認為，通過完善配套設施來降低保障房空置率并不現實。由于用地性質不同，且公共服務與商業服務項目都依靠規模效應，客觀上具有滯后性，因此無論是商品房，還是保障房，配套設施都不可能一步到位。要降低保障房的空置率，還是要擴大保障人群范圍，并嚴格監管體系。