1937年11月，日寇侵入海寧，查玉芳的三哥查懋忠帶著全家逃難越過錢塘江，在余姚庵東鎮落腳時，夫人徐祿因患病不幸離世。此時，查玉芳隨丈夫轉移至重慶。此時，查良鏞正在外求學。
抗戰軍興，趙正龍投筆從戎，1943年在與日寇的一次決戰中陣亡。查玉芳此后先后在南京、杭州一帶教書，過著單身生活。
1946年，抗戰勝利后的第一個暑假，查良鏞的哥哥查良鏗從南京回老家結婚，查玉芳回到娘家，與三哥查懋忠一家團聚。查良鏞把他這幾年一邊流亡一邊念書的苦難往事盡情向姑媽吐露：1938年9月初，浙江聯中正式開學，他進了初中部，和大多數淪陷區來的學生一樣，他失去了經濟來源，完全靠戰區學生救濟金維持生活和學業。聯中成立時按規定將救濟費分甲乙丙三等，來自淪陷區的都享受甲等救濟，一切應繳的費用全免，所有外穿的制服及書籍、伙食費用均由國家供應，每月發幾元零用錢，可以買紙張和文具等用品。查良鏞在校享受甲等救濟待遇，穿的衣服都是訓練團留下來的軍服，內衣褲、鞋襪等衣物則沒有錢買，就算天寒地凍也只是穿兩件單衣，買不起襪子，只能赤腳穿草鞋……說起慈母病死自己卻不能在她身邊盡孝，查良鏞的眼淚一滴滴地往下掉。查玉芳含淚輕撫侄兒的頭說：“媽媽不在了，姑媽也是你的媽……”
在姑媽的勸說下，查良鏞決定去重慶工作，為自己籌集出國留學的錢款。正值戰后返都，到重慶和南京的火車票一票難求。從浙江到重慶，行程幾千里，他和姑媽一人一輛自行車蹬著去。騎行到南京后踏上一艘客輪，一個半月后才到達重慶。
后來查良鏞又到了湘西農場。在湘西農場的兩年中，查良鏞得到姑媽無微不至的照顧。為躲避內戰的烽火，查良鏞回到浙江，在《東南日報》工作，姑媽也回到杭州執教。
金庸在《神雕俠侶》中描寫的愛情驚天地泣鬼神，與其說是一部武俠小說，不如說是一部愛情小說。有人說，女主人公黃蓉有當時香港長城影視公司當家花旦、金庸的“夢中情人”夏夢的影子，其實，也有他的姑媽查玉芳的影子。
趙正龍為國捐軀后，查玉芳一直單身，守身如玉。在重慶，在杭州，她曾憑著自己的一身拳腳，將企圖強暴她的好色之徒打得落荒而逃。
1948年，查良鏞考入《大公報》，調往香港，查玉芳也離開了浙江，從此失了音訊，不知她去了臺灣還是漂泊海外。幾十年間，金庸曾托臺灣的親友和海外的朋友尋找，但遍尋不著。20世紀70年代初，海外傳來一個不能確定的音訊——查玉芳晚年有可能在加拿大獨居過，60年代初客死他鄉。（新華網）