然而，礦石開采還在繼續，遺址保護危機尚未過去。
1999年12月底，省文化廳向省政府提交了“關于三明萬壽巖舊石器時代洞穴遺址保護有關情況的緊急匯報”。
2000年1月1日，時任代省長習近平作出重要批示，明確指出：保護歷史文物是國家法律賦予每個人的責任，也是實施可持續發展戰略的重要內容。萬壽巖舊石器時代洞穴一直作為不可再生的珍貴歷史文物，不僅屬于我們，也屬于后代子孫，任何個人和單位都不能為了謀取眼前或局部利益而破壞全社會和后代的利益。
他要求，“三明市政府立即采取有效的安全防范措施，加強對洞穴遺址群的保護；協調、幫助三明鋼鐵廠盡快在異地選定新采礦點，做到保護文物和發展生產兩不誤”，同時，決定由省財政撥款50萬元，用于遺址群的考古發掘和保護工作。
時隔不到一個月，1月25日，習近平在省人大常委會《關于依法保護三明萬壽巖舊石器時代洞穴遺址的意見》上再次批示：“省政府高度重視三明古代遺址保護，已于去年底專題協商，做出初步保護安排。請省文化廳進一步提出全面保護規劃和意見。”
習近平批示后不久，三鋼馬上落實，以大局為重，全面停止了在萬壽巖的爆破開采，異地選定了新的采礦點，而用別處的礦石，每噸成本要高出15元。
“礦石易找，文物難求。當年領導能舍棄一時經濟利益，毅然決定支持保護遺址，沒有驚人睿智和長遠戰略眼光，是不可能做出這樣的決策的。”王遠林感嘆。
此后，萬壽巖遺址保護工作提速，并取得重大進展。2001年3月，萬壽巖遺址被評為“2000年度全國十大考古新發現”，6月躋身全國重點文物保護單位之列。
如今，經歷了紛繁喧囂的萬壽巖歸于平靜。2013年12月，國家文物局正式將萬壽巖遺址列入國家考古遺址公園立項名單，目前正在推進建設工作。
在省長任上，雖然謀發展抓建設等工作極為繁忙，但習近平對文化遺產保護仍然高度重視，并經常關心過問。
上世紀90年代末，“奇秀甲于東南”的武夷山開始申報世界遺產。時任省委副書記習近平十分關注申報的進展，并積極協調推動有關工作。
1999年12月1日，武夷山正式被聯合國教科文組織列入世界自然和文化遺產名錄，實現了我省世界遺產零的突破，時任代省長習近平致信祝賀。
世界遺產，既要利用，更要保護。申遺成功后，為“雙世遺”立法提上議事日程。2001年9月29日，時任省長習近平主持召開省政府第34次常務會議，審議了有關武夷山“雙世遺”保護的條例。此后，經多次修改，《福建省武夷山世界文化和自然遺產保護條例》于2002年5月31日經省九屆人大常委會第三十二次會議審議通過，自2002年9月1日起施行。
如今，每年都有數百萬中外游客暢游武夷山，領略世界遺產奇秀風光，感受厚重歷史文化。
繼武夷山之后，我省又有福建土樓、中國丹霞（泰寧）榮登世界文化遺產、世界自然遺產名錄。此外，我省申報的海上絲綢之路、閩浙木拱廊橋、鼓浪嶼、三坊七巷、閩南紅磚建筑等5個項目，已被列入《中國世界文化遺產預備名單》。
福建省文物局副局長舒琳介紹，目前，我省已有國家級重點文物保護單位137處291個點，省級重點文物保護單位674處，形成了國家、省和市、縣(區)三級文物的有效保護體系。此外，近年來在涉臺文物保護、傳統村落整體保護利用及大遺址保護等方面，福建也是成果喜人。
建章立制：為留住文化根脈奠定法制和制度基礎，讓文化遺產保護有法可依、有序推進
古希臘哲人亞里士多德說：“人們為了活著而聚集到城市，為了生活得更美好而居留于城市。