針對深圳報業的質疑，2月1日，武漢地鐵給予的書面回復稱，收到深圳報業的質疑函后，公司紀委對招標代理公司、招投標程序及評審過程進行了認真調查、核實，結果表明，此次招標程序符合法律及相關規定，評標過程公平公正。
此外，對于深圳報業要求公布此次招標評委名單的要求，武漢地鐵表示不能滿足。
等待答復期間，1月31日，深圳報業派工作人員飛赴武漢，當面向武漢地鐵及招標代理公司湖北成套的負責人提出異議。
與招標方負責人溝通時，深圳報業方面獲悉，己方失分主要在第三部分、即分值為25分的項目經營建議書環節，根據招標文件，這25分又分成若干小題目，包括行業分析、戰略規劃、經營計劃、財務規劃等。令深圳報業工作人員不解的是，在公益廣告和合理化建議等小項上，深圳報業得分居然為零分。
在深圳報業代表的迫切要求下，招標代理公司披露了專家評審對深圳報業后25分扣分部分留下的書面意見：項目發展規劃，對經營權范圍理解有偏差，沒有響應文件，超范圍經營；項目管理方案，缺少科學原理及符合市場的管理方式，組織架構無法支持今后與業主的配合，而且經營團隊管理方法沒有細節性描繪。項目預算及支持方案，有預算表格，但沒有詳細的預算，對招標范圍的理解有很大的偏差，而且財務計劃只有一個目標，沒有任何的分析；公益廣告只有5%的份額，達不到武漢市政府要求的10%；合理化建議方面不夠。
“這樣的評分顯然有失公允。”深圳報業法律室主任律師申應東對記者分析，以公益廣告這一項為例，武漢地鐵招標文件中關于公益廣告的要求是，乙方需在經營許可期內保證不低于廣告媒體總面積的5%用于發布公益廣告。如果5%的媒體面積不能滿足政府對公益廣告要求時，以政府規定或要求為準。而深圳報業投標書完全按照招標文件要求撰寫，強調“不低于5%”，并在投標文件里響應招標書所有公益廣告的要求。現在，招標方以深圳報業公益廣告只承諾不低于5%，未達到武漢市政府要求的10%，所以此項給報業集團的分值為零分。
申應東認為，如果武漢市對公益廣告的投放要求不低于總額度的10%，那么，招標方就必須在招標文件中明確予以說明；如果招標方明知政府要求是10%，卻在招標文件中誤導投標人，要求不低于5%，而評標時卻又以政府的10%來要求投標人，則屬于以“挖陷阱”的方法誘導投標人，違背了公平、公正、公開和誠實信用的原則。
由于在項目經營建議書環節大比分落后，深圳報業最終以2.51分之差落標。
為何放棄價高者
關云平說：“最讓我們不理解的是，對正在建設中的武漢地鐵而言，本可以通過招標廣告代理經營權的方式最大限度收回投資，為何會放棄10多億的合作方不要，卻選擇了3家競標單位中報價最低的一家？”
對此疑問，武漢地鐵集團紀委書記何少文在接受中國青年報記者采訪時表示，作為經營實體，武漢地鐵確實需要資金，同樣要追求利益最大化，但也需要中標企業更可靠，可實施、可實現。通過招投標的方式請專家來評審的目的就是要把有實力能夠支付、且支付方案中一些支付條件充分的企業選進來。何少文強調，整個評標過程均由專家獨立完成，分數也是由專家依據評分標準給出，無論是招標方還是代理公司均不能干預專家。
招標代理公司湖北成套的負責人吳東升在接受記者采訪時也解釋說，此次招標項目采用的是綜合評估法，這種招標不同于競價或者是拍賣由價高者得，報價只占其中的一部分，除了報價之外，還要比拼方案，由專家對三家投標單位進行橫向比較，并根據評標的辦法進行主觀的判斷，酌情打分。
就在深圳報業提出質疑的同時，2月7日，武漢地鐵和湖北成套向競標單位正式發出了中標通知書和未中標通知書。